Antanas Mockus apoya la despenalización total del aborto y los matrimonios entre homosexuales, como se nota en los siguientes artículos:

Respaldo a despenalización del aborto

En la Campaña presidencial de 2006:

"La autorización del ABORTO en casos especiales puso a hablar a los candidatos presidenciales. Horacio Serpa pidió acatar la decisión de la Corte, Carlos Gaviria dijo que es un asunto de salud pública y ANTANAS MOCKUS INSISTIO EN LA NECESIDAD DE LA DESPENALIZACION TOTAL."
El candidato presidencial, Antanas Mockus advierte que en Colombia se debe llegar a la despenalización total. (DEL ABORTO)

“A eso tenemos que llegar algún día, no se si dentro de 20 o 30 años pero tenemos que llegar allá”, Candidato del Movimiento Social Indígena.  EN

http://www.womenslinkworldwide.org/pdf_programs/es_prog_rr_col_articles_9.pdf

LA MISMA CAMPAÑA DE 2006:

“Ése tema me interesa mucho por la relación que establece entre ley y cultura. Cuando la cultura cambia, a veces comportamientos que eran inaceptables se vuelven aceptables, y la conformación de parejas gay se ha vuelto un comportamiento prácticamente aceptable en la mayor parte del mundo. Entonces la ley tiene que corregirse …"

http://www.artemisanoticias.com.ar/site/notas.asp?id=2&idnota=1714